Перейти к содержимому страницы.

Сергушичев Алексей Александрович EnEnglish

Ученая степень:
кандидат технических наук
Должность:
Доцент факультета информационных технологий и программирования
Сотрудник международной лаборатории «Лаборатория биоинформатики и геномики»
Директор научно-образовательный центр геномного разнообразия
Директор научно-образовательного центра геномного разнообразия

Сергушичев Алексей Александрович – к.т.н., доцент факультета информационных технологий и программирования, руководитель группы биоинформатики в лаборатории «Компьютерные технологии», руководитель магистерской программы «Биоинформатика и системная биология».

В 2007-2013 годах Алексей с отличием прошел обучение на кафедре компьютерных технологий Университета ИТМО. В 2016 году защитил кандидатскую дисертацию под руководством Максима Артемова «Методы вычислительного анализа метаболических моделей для интерпретации транскриптомных и метаболомных данных». С 2017 года Алексей возглавил группу по биоинформатике лаборатории «Компьютерные технологии». В 2018 года под руководством Алексея была открыта англоязычная магистерская программа «Биоинформатика и системная биология».

Алексей является соавтором большого числа статей, в том числе таких авторитетных изданиях как Nature и Cell. Алексей является победителем Skoltech Systems Biology Fellowship 2017.

Научно-исследовательская деятельность

Научная деятельность Алексея посвящена разработке эффективных вычислительных методов и решению сложных алгоритмических задач, а также применению этих методов и алгоритмов в самых актуальных областях биологии. 

Под руководством Алексея ведутся следующие проекты:

  • Разработка веб-приложения Phantasus для визуализации и анализа данных экспрессии генов.
  • Разработка метода FGSEA для быстрого анализа представленности функциональных наборов генов по данным экспрессии.
  • Разработка вычислительных методов для анализа метаболических и других биологических сетей.

Публикации

Gainullina A., Sergushichev A.A.

Samuel Rohl, Urszula Rykaczewska, Till Seime, Bianca E Suur, Maria Gonzalez Diez, Jesper R Gadin, Anastasiia Gainullina, Alexey A Sergushichev, Robert Wirka, Mariette Lengquist, Malin Kronqvist, Otto Bergman, Jacob Odeberg, Jan HN Lindeman, Thomas Quertermous, Anders Hamsten, Per Eriksson, Ulf Hedin, Anton Razuvaev, Ljubica Perisic Matic Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response//JVS: Vascular Science, 2020, pp. 1-15 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах // Моделирование и анализ информационных систем -2020. - Т. 27. - № 2. - С. 180-193 Подробнее

Ignatieva E.V., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Khromova N.V., Polev D.E., Kostareva A.A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R.

Lmna mutations g232e and r482l cause dysregulation of skeletal muscle differentiation, bioenergetics, and metabolic gene expression profile//Genes, 2020, Vol. 11, No. 9, pp. 1057 Подробнее

Gainullina A., Aguilar S., Aguilar O., Allan R., Amir E., Angeli V., Artyomov M.N., Asinovski N., Astarita J., Austen K., Bajpai G., Barrett N., Baysoy A., Benoist C., Bellemare-Pelletier A., Berg B., Best A., Bezman N., Blair D., Blander J., Bogunovic M., Brennan P., Brenner M., Brown B., Buechler M., Buenrostro J., Casanova M., Choi K., Chow A., Chudnovskiy A., Cipoletta D., Cohen N., Collins J., Colonna M., Cook A., Costello J., Cremasco V., Crowl T., Crozat K., Cruse R., D’Angelo J., Dalod M., Davis S., Demiralp C., Deng T., Desai J., Desland F., Dhainaut M., Ding J., Doedens A., Dominguez C., Doran G., Dress R., Dustin M., Dwyer D., Dzhagalov I., Elpek K., Ergun A., Ericson J., Esomonu E., Fairfax K., Fletcher A., Frascoli M., Fuchs A., Gal-Oz S., Gallagher M., Gautier E., Gazit R., Gibbings S., Giraud M., Ginhoux F., Goldrath A., Gotthardt D., Gray D., Greter M., Grieshaber-Bouyer R., Guilliams M., Haidermota S., Hardy R., Hashimoto D., Helft J., Hendricks D., Heng T., Hill J., Hyatt G., Idoyaga J., Jakubzick C., Jarjoura J., Jepson D., Jia B., Jianu R., Johanson T., Jordan S., Jojic V., Kamimura Y., Kana V., Kang J., Kapoor V., Kenigsberg E., Kent A., Kim C., Kim E., Kim F., Kim J., Kim K., Kiner E., Knell J., Koller D., Krchma K., Kozinn L., Kreslavsky T., Kronenberg M., Kwan W., Laidlaw D., Lam V., Lanier L., Laplace C., Lareau C., Lavin Y., Lavine K., Leader A., Leboeuf M., Lee J., Lee J., Li B., Li H., Li Y., Lionakis M., Luche H., Lynch L., Magen A., Maier B., Malhotra D., Malhotra N., Malissen M., Maslova A., Mathis D., Mcfarland A., Merad M., Meunier E., Miller J., Milner J., Mingueneau M., Min-Oo G., Monach P., Moodley D., Mortha A., Morvan M., Mostafavi S., Muller S., Muus C., Nabekura T., Nageswara Rao T., Narang V., Narayan K., Ner-Gaon H., Nguyen Q., Nigrovic P., Novakovsky G., Nutt S., Omilusik K., Ortiz-Lopez A., Paidassi H., Paik H., Painter M., Paynich M., Peng V., Potempa M., Pradhan R., Price J., Qi Y., Qi Y., Quon S., Ramirez R., Ramanan D., Randolph G., Regev A., Rhoads A., Robinette M., Rose S., Rossi D., Rothamel K., Sachidanandam R., Sathe P., Scott C., Seddu K., See P., Sergushichev A., Shaw L., Shay T., Shemesh A., Shinton S., Shyer J., Sieweke M., Smillie C., Spel L., Spidale N., Stifano G., Subramanian A., Sun J., Sylvia K., Tellier J., This S., Tomasello E., Todorov H., Turley S., Vijaykumar B., Wagers A., Wakamatsu E., Wang C., Wang P., Wroblewska A., Wu J., Yang E., Yang L., Yim A., Yng L., Yoshida H., Yu B., Zhou Y., Zhu Y., Ziemkiewicz C.

ImmGen at 15//Nature Immunology, 2020, Vol. 21, No. 7, pp. 700-703 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Сухов В.Д., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Гайнуллина А., Сухов В., Шалыто А., Сергушичев А. Использование метода независимых компонент для определения начального приближения при поиске активных модулей в биологических графах // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики -2020. - Т. 20. - № 6. - С. ---

Perepelina K.I., Kostina A.S., Klauzen P., Khudiakov A., Rabino M., Crasto S., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Sergushichev A.A., Oganesian M., Dmitriev A., Kostareva A.A., Di Pasquale E., Malashicheva A.B.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi007-A and FAMRCi007-B) from patient with Emery–Dreifuss muscular dystrophy and heart rhythm abnormalities carrying genetic variant LMNA p.Arg249Gln//Stem Cell Research, 2020, Vol. 47, pp. 101895 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Сергушичев А.А., Артемов М.

Адаптация алгоритма совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах к использованию на реальных данных // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики -2020. - Т. 20. - № 6(130). - С. 843-848

Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp.Arg527Pro.//Stem Cell Research, 2020, Vol. 43, pp. 101714 Подробнее

Loboda A., Artomov M., Daly M., Sergushichev A.

Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston., 2019, pp. 1207

Sukhov V.D., Korotkevich G.V., Sergushichev A.A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//не указано, 2019, Vol. не указан, No. не указан, pp. не указаны

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A.

Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome//European Journal of Human Genetics, 2019, Vol. 27, No. Suppl.1, pp. 1008-1009

Sukhov V.D., Korotkevich G., Sergushichev A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//MCCMB 2019: Proceedings, 2019

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy//Frontiers in Genetics, 2019, Vol. 10, pp. 608 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации // Гены и клетки [Genes and Cells] -2019. - Т. 14. - № Приложение. - С. 101

Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I.

Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations//International Journal of Molecular Sciences, 2019, Vol. 20, No. 21, pp. 5514 Подробнее

Pavlova O., Korneev G., Sergushichev A., Filchenkov A.

Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook., 2019

Dmitrieva R.I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A.

Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations//Stem Cells International, 2019, pp. 5690345 Подробнее

Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B.

LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells//Cell Research, 2019, Vol. 29, No. 5, pp. 406-419 Подробнее

Трезубов К.А., Сергушичев А.А.

Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г.). Электронное издание -2019. - С. - Подробнее

Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A.

Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients//Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle, 2019, Vol. 10, No. 6, pp. 1431 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации//Гены и Клетки - 2019. - Т. XIV. - Вып. Приложение. - С. 101

Дмитриева Р.И., Иванова О.А., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Сергушичев А.А.

Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН//Материалы IX Всероссийской с международным участием конференции с элементами научной школы по физиологии мышц и мышечной деятельности, посвященной памяти Е. Е. Никольского - 2019. - С. 109-110

Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A.

Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program//European Journal of Heart Failure, 2019, Vol. 21, No. S1, pp. 578-579 Подробнее

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Сборник материалов конференции СПИСОК-2019 - 2019

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710 - 2019

Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Сухов В.Д., Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2019 [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб. - 2019

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10.1038/s41564-018-0245-0)//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 11, pp. 1327 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J., Korotkevich G., Sergushichev A.

The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem//bioRxiv, 2018, pp. 1-20 Подробнее

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A.

Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation//Frontiers in Genetics, 2018, Vol. 9, pp. 209 Подробнее

Лобода А.А., Сергушичев А.А.

Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов//Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2018

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy//Human Mutation, 2018, Vol. 39, No. 9, pp. 1161-1172 Подробнее

Freylikhman O., Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A.

Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia//Genome announcements, 2018, Vol. 6, No. 3, pp. e01464-17 Подробнее

Isomurodov J.E., Sergushichev A., Korotkevich G.

The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem//не указано, 2018, pp. 1-20 Подробнее

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 10, pp. 1099-1108 Подробнее

Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A.

New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S19 Подробнее

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N.

Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis//Nature, 2018, Vol. 556, No. 7702, pp. 501-504 Подробнее

Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A.

Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S83 Подробнее

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 77-80 Подробнее

Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.M., Colonna M.

TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease//Cell, 2017, Vol. 170, No. 4, pp. 649-663.e13 Подробнее

Аксенов В.Е., Sergushichev A., Vyahhi N.

Science in a Competitive Format, 2017

Isomurodov J.E., Loboda A.A., Sergushichev A.A.

Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2017, Vol. 10252, pp. 75-84 Подробнее

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B.

Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 85-88 Подробнее

Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W.

Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis//Cell Host and Microbe, 2016, Vol. 19, No. 1, pp. 102-113 Подробнее

Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M.

End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data//Genome Research, 2016, Vol. 26, No. 10, pp. 1397-1410 Подробнее

Artyomov M.N., Sergushichev A., Schilling J.

Integrating immunometabolism and macrophage diversity//Seminars in Immunology, 2016, Vol. 28, No. 5, pp. 417-424 Подробнее

Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G.

The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism//Cell Reports, 2016, Vol. 16, No. 7, pp. 1915-1928 Подробнее

Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A.

Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2016, Vol. 9838, pp. 210-221 Подробнее

Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N.

Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation//Cell Metabolism, 2016, Vol. 24, No. 1, pp. 158–166 Подробнее

Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N.

GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis//Nucleic Acids Research, 2016, Vol. 44, No. 1, pp. W194-W200 Подробнее

Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G.

Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth//Molecular Cell, 2015, Vol. 60, No. 2, pp. 195-207 Подробнее

Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S.

Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group//Clinica Chimica Acta, 2015, Vol. 446, pp. 132-140 Подробнее

Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N.

Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization//Immunity, 2015, Vol. 42, No. 3, pp. 419-430 Подробнее

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением // Известия Российской академии наук. Теория и системы управления -2013. - № 3. - С. 85-100 Подробнее

Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F.

Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species//GigaScience, 2013, Vol. 2, No. 1, pp. 10 Подробнее

Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A.

The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior//Journal of Computer and Systems Sciences International, 2013, Vol. 52, No. 3, pp. 410-425 Подробнее

Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика -2013. - Т. 13. - № 2-2. - С. 51–57 Подробнее

Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Сборка генома и технология MapReduce // Суперкомпьютеры -2013. - № 4 (12). - С. 40-43

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики -2012. - № 6(82). - С. 93-98

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. - № 2(72). - С. 3-11

Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N.

Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions//Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication, 2011, pp. 775-778 Подробнее

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions//Proceedings of the 2011 GECCO conference companion on Genetic and Evolutionary Computation, 2011, pp. 775-778

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. - № 5(75). - С. 81-84

Публикации в репозитории Университета ИТМО

Сергушичев А. А.
АЛГОРИТМ КУМУЛЯТИВНОГО ВЫЧИСЛЕНИЯ СТАТИСТИКИ ПРЕДСТАВЛЕННОСТИ НАБОРА ГЕНОВ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 5(105) за 2016 г.

Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н.
МЕТОД СБОРКИ КОНТИГОВ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ НА ОСНОВЕ СОВМЕСТНОГО ПРИМЕНЕНИЯ ГРАФОВ ДЕ БРЮИНА И ГРАФОВ ПЕРЕКРЫТИЙ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 6(82) за 2012 г.

Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А.
МЕТОД ИСПРАВЛЕНИЯ ОШИБОК В НАБОРЕ ЧТЕНИЙ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 5(75) за 2011 г.

Проекты

Исследование и разработка методического, алгоритмического и инфраструктурного обеспечения современных технологий машинного обучения и когнитивных технологий для создания систем отраслевых программ ДПО Национального центра когнитивных разработок
03/18/2020 - 07/30/2020

Автоматизированный поиск переходных состояний в химических реакциях
09/01/2018 - 06/30/2019

Автоматизированный анализ пространства химических превращений для предсказательного моделирования каталитических процессов
11/01/2017 - 08/31/2018