Сергушичев Алексей Александрович Доцент факультета информационных технологий и программирования Сотрудник международной лаборатории «Биоинформатика» Персоналия университета ИТМО Перейти к содержимому страницы.
  2. Университет
  3. Персоналии (А-Я)
  4. Сергушичев Алексей Александрович

Сергушичев Алексей Александрович EnEnglish

Сергушичев Алексей Александрович – к.т.н., доцент факультета информационных технологий и программирования, руководитель группы биоинформатики в лаборатории «Компьютерные технологии», руководитель магистерской программы «Биоинформатика и системная биология».

В 2007-2013 годах Алексей с отличием прошел обучение на кафедре компьютерных технологий Университета ИТМО. В 2016 году защитил кандидатскую дисертацию под руководством Максима Артемова «Методы вычислительного анализа метаболических моделей для интерпретации транскриптомных и метаболомных данных». С 2017 года Алексей возглавил группу по биоинформатике лаборатории «Компьютерные технологии». В 2018 года под руководством Алексея была открыта англоязычная магистерская программа «Биоинформатика и системная биология».

Алексей является соавтором большого числа статей, в том числе таких авторитетных изданиях как Nature и Cell. Алексей является победителем Skoltech Systems Biology Fellowship 2017.

Научно-исследовательская деятельность

Научная деятельность Алексея посвящена разработке эффективных вычислительных методов и решению сложных алгоритмических задач, а также применению этих методов и алгоритмов в самых актуальных областях биологии. 

Под руководством Алексея ведутся следующие проекты:

  • Разработка веб-приложения Phantasus для визуализации и анализа данных экспрессии генов.
  • Разработка метода FGSEA для быстрого анализа представленности функциональных наборов генов по данным экспрессии.
  • Разработка вычислительных методов для анализа метаболических и других биологических сетей.

Публикации

Kleverov M., Zenkova D., Kamenev V., Sablina M., Artyomov M.N., Sergushichev A.A.

Phantasus, a web application for visual and interactive gene expression analysis//eLife, 2024, Vol. 13, pp. e85722 Подробнее

Usoltsev D., Kolosov N., Rotar O., Loboda A., Boyarinova M., Moguchaya E., Kolesova E., Erina A., Tolkunova K., Rezapova V., Molotkov I., Melnik O., Freylikhman O., Paskar N., Alieva A., Baranova E., Bazhenova E., Beliaeva O., Vasilyeva E., Kibkalo S., Skitchenko R., Babenko A., Sergushichev A., Dushina A., Lopina E., Basyrova I., Libis R., Duplyakov D., Cherepanova N., Donner K., Laiho P., Kostareva A., Konradi A., Shlyakhto E., Palotie A., Daly M.J., Artomov M.

Complex trait susceptibilities and population diversity in a sample of 4,145 Russians//Nature Communications, 2024, Vol. 15, No. 1, pp. 6212 Подробнее

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Многоуровневое расщепление в методе Монте-Карло для оценки вероятностей редких событий в пермутационных тестах [Multilevel splitting for rare events estimation in permutation tests] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2024. - Т. 24. - № 4. - С. 654-660 Подробнее

Larionova I., Kiselev A., Kazakova E., Liu T., Patysheva M., Iamshchikov P., Liu Q., Mossel D.M., Riabov V., Rakina M., Sergushichev A., Bezgodova N., Vtorushin S., Litviakov N., Denisov E., Koshkin P., Pyankov D., Tsyganov M., Ibragimova M., Cherdyntseva N., Kzhyshkowska J.

Tumor-associated macrophages respond to chemotherapy by detrimental transcriptional reprogramming and suppressing stabilin-1 mediated clearance of EGF//Frontiers in Immunology, 2023, Vol. 14, pp. 1000497 Подробнее

Pinakhina D., Yermakovich D., Vergasova E., Kasyanov E., Rukavishnikov G., Rezapova V., Kolosov N., Sergushichev A., Popov I., Kovalenko E., Ilinskaya A., Kim A., Plotnikov N., Ilinsky V., Neznanov N., Mazo G., Kibitov A., Rakitko A., Artomov M.

GWAS of depression in 4,520 individuals from the Russian population highlights the role of MAGI2 (S-SCAM) in the gut-brain axis//Frontiers in Genetics, 2023, Vol. 13, pp. 972196 Подробнее

Gainullina A., Mogilenko D.A., Huang L.H., Todorov H., Narang V., Kim K., Yng L., Kent A., Jia B., Seddu K., Krchma K., Wu J., Crozat K., Tomasello E., Dress R., See P., Scott C., Gibbings S., Bajpai G., Desai J., Maier B., This S., Wang P., Aguilar S., Poupel L., Dussaud S., Zhou T., Angeli V., Blander J., Choi K., Dalod M., Dzhagalov I., Gautier E., Jakubzick C., Lavine K., Lionakis M., Paidassi H., Sieweke M.H., Ginhoux F., Guilliams M., Benoist C., Merad M., Randolph G.J., Sergushichev A., Artyomov M.N.

Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes//Cell Reports, 2023, Vol. 42, No. 2, pp. 112046 Подробнее

Pinakhina D., Loboda A., Sergushichev A., Artomov M.

Gene, cell type, and drug prioritization analysis suggest genetic basis for the utility of diuretics in treating Alzheimer disease//Human Genetics and Genomics Advances, 2023, Vol. 4, No. 3, pp. 100203 Подробнее

Mogilenko D.A., Sergushichev A., Artyomov M.

Systems Immunology Approaches to Metabolism//Annual Review of Immunology, 2023, Vol. 41, pp. 317-342 Подробнее

Kolosov N., Rezapova V., Rotar O., Loboda A., Freylikhman O., Melnik O., Sergushichev A., Stevens C., Voortman T., Kostareva A., Konradi A., Daly M., Artomov M.

Genotype imputation and polygenic score estimation in northwestern Russian population//PLoS ONE, 2022, Vol. 17, No. 6, pp. e0269434 Подробнее

Dufour C., Xia H., B’Chir W., Perry M., Kuzmanov U., Gainullina A., Dejgaard K., Scholtes C., Ouellet C., Zuo D., Sanguin-Gendreau V., Guluzian C., Smith H., Muller W., Audet-Walsh E., Sergushichev A.A., Emili A., Giguere V.

Integrated multi-omics analysis of adverse cardiac remodeling and metabolic inflexibility upon ErbB2 and ERRAlpha deficiency//Communications Biology, 2022, Vol. 5, No. 1, pp. 955 Подробнее

Rotar O., Boyarinova M.A., Moguchaya E.V., Tolkunova K., Kolosov N., Rezapova V., Freylikhman O., Usoltsev D., Melnik O., Sergushichev A.A., Solntsev V., Kostareva A.A., Dubinina E., Voortman T., Stevens C., Daly M., Konradi A.O., Schlyakhto E., Artomov M.

Case Report: Supernormal Vascular Aging in Leningrad Siege Survivors//Frontiers in Cardiovascular Medicine, 2022, Vol. 9, pp. 843439 Подробнее

Emelianova M., Gainullina A., Poperechnyi N., Loboda A.A., Artyomov M., Sergushichev A.

Shiny GATOM: omics-based identification of regulated metabolic modules in atom transition networks//Nucleic Acids Research, 2022, Vol. 50, No. 1, pp. W690-W696 Подробнее

Korotkevich G., Sukhov V., Sergushichev A.

Fast gene set enrichment analysis with multi-level Monte-Carlo approach, 2021

Sukhov V., Sergushichev A., Artyomov M.

Gene Set Co-regulation Analysis//MCCMB 2021: Proceedings, 2021

Gainullina A., Shalyto A.A., Sergushichev A.A.

Method for Joint Clustering in Graph and Correlation Spaces//Automatic Control and Computer Sciences, 2021, Vol. 55, No. 7, pp. 647-657 Подробнее

Santeford A., Lee A.Y., Sene A., Hassman L., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Artyomov M.N., Ruzycki P.A., Apte R.S.

Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages//eLife, 2021, Vol. 10, pp. e66703 Подробнее

Merlin J., Ivanov S., Dumont A., Sergushichev A.A., Gall J., Stunault M.I., Ayrault M., Vaillant N., Castiglione A., Swain A., Orange F., Gallerand A., Berton T., Martin J., Carobbio S., Masson J., Gaisler-Salomon I., Maechler P., Rayport S., Sluimer J., Biessen E., Guinamard R.R., Gautier E., Thorp E.B., Artyomov M.N., Yvan-Charvet L.

Non-canonical glutamine transamination sustains efferocytosis by coupling redox buffering to oxidative phosphorylation//Nature Metabolism, 2021, Vol. 3, No. 10, pp. 1313-1326 Подробнее

Gainullina A., Sergushichev A.A.

Transcriptomic profiling of experimental arterial injury reveals new mechanisms and temporal dynamics in vascular healing response//JVS: Vascular Science, 2020, pp. 1-15 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах // Моделирование и анализ информационных систем -2020. - Т. 27. - № 2. - С. 180-193 Подробнее

Ignatieva E.V., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Khromova N.V., Polev D.E., Kostareva A.A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R.

Lmna mutations g232e and r482l cause dysregulation of skeletal muscle differentiation, bioenergetics, and metabolic gene expression profile//Genes, 2020, Vol. 11, No. 9, pp. 1057 Подробнее

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. [2019, электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710 - 2020

Zlotina A., Melnik O., Fomicheva Y., Skitchenko R.K., Sergushichev A., Shagimardanova E., Gusev O., Gazizova G., Loevets T., Vershinina T., Kozyrev I., Gordeev M., Vasichkina E., Pervunina T., Kostareva A.A.

A 300-kb microduplication of 7q36.3 in a patient with triphalangeal thumb-polysyndactyly syndrome combined with congenital heart disease and optic disc coloboma: a case report//BMC Medical Genomics, 2020, Vol. 13, No. 1, pp. 175 Подробнее

Aguilar S., Aguilar O., Allan R., Amir E., Angeli V., Artyomov M.N., Asinovski N., Astarita J., Austen K., Bajpai G., Barrett N., Baysoy A., Benoist C., Bellemare-Pelletier A., Berg B., Best A., Bezman N., Blair D., Blander J., Bogunovic M., Brennan P., Brenner M., Brown B., Buechler M., Buenrostro J., Casanova M., Choi K., Chow A., Chudnovskiy A., Cipoletta D., Cohen N., Collins J., Colonna M., Cook A., Costello J., Cremasco V., Crowl T., Crozat K., Cruse R., D’Angelo J., Dalod M., Davis S., Demiralp C., Deng T., Desai J., Desland F., Dhainaut M., Ding J., Doedens A., Dominguez C., Doran G., Dress R., Dustin M., Dwyer D., Dzhagalov I., Elpek K., Ergun A., Ericson J., Esomonu E., Fairfax K., Fletcher A., Frascoli M., Fuchs A., Gainullina A., Gal-Oz S., Gallagher M., Gautier E., Gazit R., Gibbings S., Giraud M., Ginhoux F., Goldrath A., Gotthardt D., Gray D., Greter M., Grieshaber-Bouyer R., Guilliams M., Haidermota S., Hardy R., Hashimoto D., Helft J., Hendricks D., Heng T., Hill J., Hyatt G., Idoyaga J., Jakubzick C., Jarjoura J., Jepson D., Jia B., Jianu R., Johanson T., Jordan S., Jojic V., Kamimura Y., Kana V., Kang J., Kapoor V., Kenigsberg E., Kent A., Kim C., Kim E., Kim F., Kim J., Kim K., Kiner E., Knell J., Koller D., Krchma K., Kozinn L., Kreslavsky T., Kronenberg M., Kwan W., Laidlaw D., Lam V., Lanier L., Laplace C., Lareau C., Lavin Y., Lavine K., Leader A., Leboeuf M., Lee J., Lee J., Li B., Li H., Li Y., Lionakis M., Luche H., Lynch L., Magen A., Maier B., Malhotra D., Malhotra N., Malissen M., Maslova A., Mathis D., Mcfarland A., Merad M., Meunier E., Miller J., Milner J., Mingueneau M., Min-Oo G., Monach P., Moodley D., Mortha A., Morvan M., Mostafavi S., Muller S., Muus C., Nabekura T., Nageswara Rao T., Narang V., Narayan K., Ner-Gaon H., Nguyen Q., Nigrovic P., Novakovsky G., Nutt S., Omilusik K., Ortiz-Lopez A., Paidassi H., Paik H., Painter M., Paynich M., Peng V., Potempa M., Pradhan R., Price J., Qi Y., Qi Y., Quon S., Ramirez R., Ramanan D., Randolph G., Regev A., Rhoads A., Robinette M., Rose S., Rossi D., Rothamel K., Sachidanandam R., Sathe P., Scott C., Seddu K., See P., Sergushichev A., Shaw L., Shay T., Shemesh A., Shinton S., Shyer J., Sieweke M., Smillie C., Spel L., Spidale N., Stifano G., Subramanian A., Sun J., Sylvia K., Tellier J., This S., Tomasello E., Todorov H., Turley S., Vijaykumar B., Wagers A., Wakamatsu E., Wang C., Wang P., Wroblewska A., Wu J., Yang E., Yang L., Yim A., Yng L., Yoshida H., Yu B., Zhou Y., Zhu Y., Ziemkiewicz C.

ImmGen at 15//Nature Immunology, 2020, Vol. 21, No. 7, pp. 700-703 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Сухов В.Д., Шалыто А.А., Сергушичев А.А.

Применение метода независимых компонент для определения начального приближения при поиске активных модулей в биологических графах [Independent component analysis for initial approximation determination in identification of active modules in biological graphs] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. - Т. 20. - № 6(130). - С. 888-892 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е.В., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Борцова М.А., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Анализ транскриптома скелетной мускулатуры выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с хронической сердечной недостаточнстью // Российский кардиологический журнал [Russian Journal of Cardiology] -2020. - Т. 25. - № 10. - С. 79-86 Подробнее

Korotkevich G., ., Shpak B., Sergushichev A.

FGSEA: fast gene set enrichment analysis//CSHL Meeting on Biological Data Science 2020, Virtual, 2020, pp. 156

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A., Loginicheva E., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N.

Electrophilic properties of itaconate regulating macrophage activation//Journal of Immunology, 2020, Vol. 204, No. 1(Suppl.), pp. 152.17 Подробнее

Лобода А.А., Сергушичев А.А.

Вывод генных регуляторных сетей по данным экспрессии генов при помощи байесовских сетей [Inferring of regulatory networks from expression data using bayesian networks] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. - Т. 20. - № 6(130). - С. 835-840 Подробнее

Perepelina K.I., Kostina A.S., Klauzen P., Khudiakov A., Rabino M., Crasto S., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Sergushichev A.A., Oganesian M., Dmitriev A., Kostareva A.A., Di Pasquale E., Malashicheva A.B.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi007-A and FAMRCi007-B) from patient with Emery–Dreifuss muscular dystrophy and heart rhythm abnormalities carrying genetic variant LMNA p.Arg249Gln//Stem Cell Research, 2020, Vol. 47, pp. 101895 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A.

Markov chain Monte Carlo for active module identification problem//BMC Bioinformatics, 2020, Vol. 21, No. 6, pp. 261 Подробнее

Гайнуллина А.Н., Артемов М., Сергушичев А.А.

Модификация метода совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах [Method of joint clustering in network and correlation spaces] // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2020. - Т. 20. - № 6(130). - С. 807-814 Подробнее

Vershinina T., Fomicheva Y., Muravyev A., Jorholt J., Kozyreva A., Kiselev A.M., Gordeev M., Vasichkina E., Sergushichev A., Pervunina T.М., Sjoberg G., Skyttner-Rahmani S., Sejersen T., Kostareva A.A.

Genetic Spectrum of Left Ventricular Non-Compaction in Paediatric Patients//Cardiology, 2020, Vol. 145, No. 11, pp. 746-755 Подробнее

Perepelina K.I., Klauzen P., Khudiakov A., Zlotina A.M., Fomicheva Y., Rudenko D., Gordeev M., Sergushichev A.A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of two iPSC lines (FAMRCi006-A and FAMRCi006-B) from patient with dilated cardiomyopathy and Emery–Dreifuss muscular dystrophy associated with genetic variant LMNAp.Arg527Pro.//Stem Cell Research, 2020, Vol. 43, pp. 101714 Подробнее

Loboda A., Artomov M., Daly M., Sergushichev A.

Algorithm for gene regulatory network inference recovers biological insights from large-scale gene expression data (Abstract/Program #1426). Presented at the 69th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics, October 18, Houston., 2019, pp. 1207

., Korotkevich G.V., Sergushichev A.A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//не указано, 2019, Vol. не указан, No. не указан, pp. не указаны

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A., Parmon E., Kostareva A.A.

Synemin expression profile during tissue-specific differentiation of mesenchymal stromal cells confirms its possible involvement in heart-hand syndrome//European Journal of Human Genetics, 2019, Vol. 27, No. Suppl.1, pp. 1008-1009

Sukhov V.D., Korotkevich G., Sergushichev A.

Rare-event probability estimation in the functional gene set enrichment analysis//MCCMB 2019: Proceedings, 2019

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Sergushichev A.A., Dmitrieva R., Khudiakov A., Jorholt J., Smolina N.A., Sukhareva K., Fomicheva Y., Mikhaylov E.N., Mitrofanova L.B., Predeus A.V., Sjoberg G., Rudenko D., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

Truncating variant in MYOF gene is associated with limb-girdle type muscular dystrophy and cardiomyopathy//Frontiers in Genetics, 2019, Vol. 10, pp. 608 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации // Гены и клетки [Genes and Cells] -2019. - Т. 14. - № Приложение. - С. 101

Lelyavina T., Galenko V.L., Ivanova O.A., Komarova M.Y., Ignatieva E.V., Bortsova M.A., Yukina G.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Sergushichev A., Dmitrieva R.I.

Clinical Response to Personalized Exercise Therapy in Heart Failure Patients with Reduced Ejection Fraction Is Accompanied by Skeletal Muscle Histological Alterations//International Journal of Molecular Sciences, 2019, Vol. 20, No. 21, pp. 5514 Подробнее

Pavlova O., Korneev G., Sergushichev A., Filchenkov A.

Internship guidance and methodological advice for foreign students of ITMO University: Student handbook., 2019

Dmitrieva R.I., Lelyavina T.A., Komarova M.Y., Galenko V.L., Ivanova O.A., Tikanova P.A., Khromova N., Golovkin A.S., Bortsova M.A., Sergushichev A.A., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A.

Skeletal muscle resident progenitor cells coexpress mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure-induced dysregulations//Stem Cells International, 2019, pp. 5690345 Подробнее

Pelgrom L.R., Patente T.A., Sergushichev A.A., Esaulova E., Otto F., Ozir-Fazalalikhan A., Van Der Zande H.J., Van Der Ham A.J., Van Der Stel S., Artyomov M.N., Everts B.

LKB1 expressed in dendritic cells governs the development and expansion of thymus-derived regulatory T cells//Cell Research, 2019, Vol. 29, No. 5, pp. 406-419 Подробнее

Трезубов К.А., Сергушичев А.А.

Разработка алгоритма для поиска соответствия атомов в биохимических реакциях // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых (VIII Всероссийский конгресс молодых ученых, 15-19апреля 2019г.). Электронное издание -2019. - С. - Подробнее

Dmitrieva R.I., Ivanova O.A., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Ignatieva E.V., Komarova M.Y., Khromova N.V., Sitnikova M.Y., Sergushichev A.A., Kostareva A.A.

Anaerobic threshold-based exercise training programme stimulates genes that control skeletal muscle differentiation and function in heart failure patients//Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle, 2019, Vol. 10, No. 6, pp. 1431 Подробнее

Иванова О.А., Игнатьева Е., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Комарова М.Ю., Ситникова М.Ю., Костарева А.А., Сергушичев А.А., Дмитриева Р.И.

Исследование дифференциальной экспрессии и сигнальных путей в скелетной мускулатуре пациентов с ХСН после физической реабилитации//Гены и Клетки - 2019. - Т. XIV. - Вып. Приложение. - С. 101

Дмитриева Р.И., Иванова О.А., Лелявина Т.А., Галенко В.Л., Сергушичев А.А.

Анализ транскриптома выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с ХСН//Материалы IX Всероссийской с международным участием конференции с элементами научной школы по физиологии мышц и мышечной деятельности, посвященной памяти Е. Е. Никольского - 2019. - С. 109-110

Ivanova O.A., Ignatieva E.V., Lelyavina T.A., Galenko V.L., Kiselev A.M., Sitnikova M.Y., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Sergushichev A.

Transcriptome sequencing revealed the upregulation of pathways that control regeneration and calcium handling in skeletal muscles of heart failure patients undergoing exercise rehabilitation program//European Journal of Heart Failure, 2019, Vol. 21, No. S1, pp. 578-579 Подробнее

Сухов В.Д., Короткевич Г.В., Сергушичев А.А.

Сборник материалов конференции СПИСОК-2019 - 2019

Короткевич Г.В., Сергушичев А.А., Сухов В.Д.

Адаптивный многоуровневый подход Монте-Карло для задачи функционального анализа представленности генов // Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2019 [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://kmu.itmo.ru/digests/article/710, своб. - 2019

Korotkevich G., ., Sergushichev A.

Fast gene set enrichment analysis//bioRxiv, 2019, pp. 1-29 Подробнее

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Erratum to: Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes (Nature Microbiology, (2018), 3, 10, (1099-1108), 10.1038/s41564-018-0245-0)//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 11, pp. 1327 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J.E., Korotkevich G., Sergushichev A.

The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem//BioRxiv [база препринтов], 2018, pp. 1-20 Подробнее

Zlotina A., Kiselev A., Sergushichev A.A., Parmon E., Kostareva A.A.

Rare case of ulnar-mammary-like syndrome with left ventricular tachycardia and lack of TBX3 mutation//Frontiers in Genetics, 2018, Vol. 9, pp. 209 Подробнее

Лобода А.А., Сергушичев А.А.

Определение структуры генной регуляторной сети по профилям экспрессии генов//Сборник тезисов докладов конгресса молодых ученых. Электронное издание. - 2018

Kiselev A., Vaz R., Knyazeva A., Khudiakov A., Tarnovskaya S., Liu J., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Frishman D., Smolina N.A., Pervunina T., Jorholt J., Sjoberg G., Vershinina T., Rudenko D., Arner A., Sejersen T., Lindstrand A., Kostareva A.A.

De novo mutations in FLNC leading to early-onset restrictive cardiomyopathy and congenital myopathy//Human Mutation, 2018, Vol. 39, No. 9, pp. 1161-1172 Подробнее

Freylikhman O., Kiselev A., Kazakov S., Sergushichev A., Panferova Y., Tokarevich N., Kostareva A.

Draft genome sequence of Coxiella burnetii historical strain Leningrad-2, isolated from blood of a patient with acute Q fever in Saint Petersburg, Russia//Genome announcements, 2018, Vol. 6, No. 3, pp. e01464-17 Подробнее

Howard N.C., Marin N.D., Ahmed M., Rosa B.A., Martin J., Bambouskova M., Sergushichev A., Loginicheva E., Kurepina N., Rangel-Moreno J., Chen L., Kreiswirth B.N., Klein R.S., Balada-Llasat J., Torrelles J.B., Amarasinghe G.K., Mitreva M., Artyomov M.N., Hsu F.F., Mathema B., Khader S.A.

Mycobacterium tuberculosis carrying a rifampicin drug resistance mutation reprograms macrophage metabolism through cell wall lipid changes//Nature Microbiology, 2018, Vol. 3, No. 10, pp. 1099-1108 Подробнее

Kiselev A., Kornishina T., Sergushichev A., Smolina N., Klyushina A., Pervunina T., Bang M.L., Sjoberg G., Sejersen T., Kostareva A.

New variant in CMYA5 gene is associated with early-onset restrictive cardiomyopathy and autism-spectrum disorder//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S19 Подробнее

Bambouskova M., Gorvel L., Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Loginicheva E., Johnson K., Korenfeld D., Mathyer M.E., Kim H., Huang L.H., Duncan D., Bregman H., Keskin A., Santeford A., Apte R.S., Sehgal R., Johnson B., Amarasinghe G.K., Soares M.P., Satoh T., Akira S., Hai T., Strong C.D., Auclair K., Roddy T.P., Biller S.A., Jovanovic M., Klechevsky E., Stewart K.M., Randolph G.J., Artyomov M.N.

Electrophilic properties of itaconate and derivatives regulate the I kappa B zeta-ATF3 inflammatory axis//Nature, 2018, Vol. 556, No. 7702, pp. 501-504 Подробнее

Kostina A., Kiselev A., Bjorck H., Irtyuga O., Sergushichev A.A., Baranov Y., Eriksson P., Kostareva A., Malashicheva A.

Notch signaling pathway is attenuated in aortic endothelial cells of patients with aortic pathologies associated with bicuspid aortic valve//Cardiovascular Research, 2018, Vol. 114, No. suppl.1, pp. S83 Подробнее

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Nikulina T., Sergushichev A.A., Gudkova A., Tomilin A., Malashicheva A.B., Kostareva A.A.

Generation of iPSC line from desmin-related cardiomyopathy patient carrying splice site mutation of DES gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 77-80 Подробнее

Ulland T.K., Song W., Huang S.C., Ulrich J.D., Sergushichev A.A., Beatty W.L., Loboda A.A., Zhou Y., Cairns N.J., Kambal A., Loginicheva E., Gilfillan S., Cella M., Virgin H.W., Unanue E.R., Wang Y., Artyomov M.N., Holtzman D.M., Colonna M.

TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease//Cell, 2017, Vol. 170, No. 4, pp. 649-663.e13 Подробнее

Аксенов В.Е., Sergushichev A., Vyahhi N.

Science in a Competitive Format, 2017

Isomurodov J.E., Loboda A.A., Sergushichev A.A.

Ranking Vertices for Active Module Recovery Problem//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2017, Vol. 10252, pp. 75-84 Подробнее

Khudiakov A., Kostina D., Zlotina A., Yany N., Sergushichev A.A., Pervunina T., Tomilin A., Kostareva A.A., Malashicheva A.B.

Generation of iPSC line from patient with arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy carrying mutations in PKP2 gene//Stem Cell Research, 2017, Vol. 24, pp. 85-88 Подробнее

Lu Q., Yokoyama C.C., Williams J.W., Baldridge M.T., Jin X., Desrochers B., Bricker T., Wilen C.B., Bagaitkar J., Loginicheva E., Sergushichev A., Kreamalmeyer D., Keller B.C., Zhao Y., Kambal A., Green D.R., Martinez J., Dinauer M.C., Holtzman M.J., Crouch E.C., Beatty W., Boon A.C., Zhang H., Randolph G.J., Artyomov M.N., Virgin H.W.

Homeostatic Control of Innate Lung Inflammation by Vici Syndrome Gene Epg5 and Additional Autophagy Genes Promotes Influenza Pathogenesis//Cell Host and Microbe, 2016, Vol. 19, No. 1, pp. 102-113 Подробнее

Derr A.C., Yang C., Zilionis R., Sergushichev A.A., Blodgett D., Redick S., Bortell R., Luban J., Harlan В.M., Kadener S., Greiner D.L., Klein A., Artyomov M.N., Garber M.

End Sequence Analysis Toolkit (ESAT) expands the extractable information from single-cell RNA-seq data//Genome Research, 2016, Vol. 26, No. 10, pp. 1397-1410 Подробнее

Artyomov M.N., Sergushichev A., Schilling J.

Integrating immunometabolism and macrophage diversity//Seminars in Immunology, 2016, Vol. 28, No. 5, pp. 417-424 Подробнее

Izreig S., Samborska B., Johnson R.M., Sergushichev A., Ma E.H., Lussier C., Loginicheva E., Donayo A.O., Poffenberger M.C., Sagan S.M., Vincent E.E., Artyomov M.N., Duchaine T.F., Jones R.G.

The miR-17 similar to 92 microRNA Cluster Is a Global Regulator of Tumor Metabolism//Cell Reports, 2016, Vol. 16, No. 7, pp. 1915-1928 Подробнее

Loboda A.A., Artyomov M.N., Sergushichev A.A.

Solving generalized maximum-weight connected subgraph problem for network enrichment analysis//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2016, Vol. 9838, pp. 210-221 Подробнее

Lampropoulou V., Sergushichev A.A., Bambouskova M., Nair S., Vincent E.E., Loginicheva E., Cervantes-Barragan L., Ma X., Huang S., Griss T., Weinheimer C.J., Khader S.A., Randolph G.J., Pearce E.J., Jones R.G., Diwan A., Diamond M.S., Artyomov M.N.

Itaconate Links Inhibition of Succinate Dehydrogenase with Macrophage Metabolic Remodeling and Regulation of Inflammation//Cell Metabolism, 2016, Vol. 24, No. 1, pp. 158–166 Подробнее

Sergushichev A.A., Loboda A.A., Jha A.K., Vincent E.E., Driggers E.M., Jones R.G., Pearce E.J., Artyomov M.N.

GAM: a web-service for integrated transcriptional and metabolic network analysis//Nucleic Acids Research, 2016, Vol. 44, No. 1, pp. W194-W200 Подробнее

Vincent E.E., Sergushichev A.A., Griss T., Gingras M., Samborska B., Ntimbane T., Coelho P.P., Blagih J., Raissi T.C., Choiniere L., Bridon G., Loginicheva E., Flynn B.R., Thomas E.C., Tavare J.M., Avizonis D.Z., Pause A.P., Elder D.J., Artyomov M.N., Jones R.G.

Mitochondrial Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Regulates Metabolic Adaptation and Enables Glucose-Independent Tumor Growth//Molecular Cell, 2015, Vol. 60, No. 2, pp. 195-207 Подробнее

Glotov A.S., Kazakov S., Zhukova E.A., Alexandrov A., Glotov O.S., Pakin V.S., Danilova M.M., Poliakova I.V., Niyazova S.S., Chakova N.N., Komissarova S.M., Kurnikova E.A., Sarana A.M., Sherbak S.G., Sergushichev A., Shalyto A., Baranov V.S.

Targeted next-generation sequencing (NGS) of nine candidate genes with custom AmpliSeq in patients and a cardiomyopathy risk group//Clinica Chimica Acta, 2015, Vol. 446, pp. 132-140 Подробнее

Jha A.K., Huang S.C., Sergushichev A.A., Lampropoulou V., Ivanova Y., Loginicheva E., Chmielewski K., Stewart K.M., Ashall J., Everts B., Pearce E.J., Driggers E.M., Artyomov M.N.

Network integration of parallel metabolic and transcriptional data reveals metabolic modules that regulate macrophage polarization//Immunity, 2015, Vol. 42, No. 3, pp. 419-430 Подробнее

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Применение эволюционного программирования на основе обучающих примеров для генерации конечных автоматов, управляющих объектами со сложным поведением // Известия Российской академии наук. Теория и системы управления -2013. - № 3. - С. 85-100 Подробнее

Bradnam K.R., Fass J.N., Alexandrov A., Baranay P., Bechner M., Birol I., Boisvert S., Chapman J.A., Chapuis G., Chikhi R., Chitsaz H., Chou W., Corbeil J., Del Fabbro C., Docking T.R., Durbin R., Earl D., Emrich S., Fedotov P., Fonseca N.A., Ganapathy G., Gibbs R.A., Gnerre S., Godzaridis E., Goldstein S., Haimel M., Hall G., Haussler D., Hiatt J.B., Ho I.Y., Howard J., Hunt M., Jackman S.D., Jaffe D.B., Jarvis E.D., Jiang H., Kersey P.J., Kazakov S., Kitzman J.O., Knight J.R., Koren S., Lam T., Lavenier D., Laviolette F., Li Z., Li Y., Liu B., Liu Y., Luo R., Maccallum I., Macmanes M.D., Maillet N., Melnikov S., Naquin D., Ning Z., Otto T.D., Paten B., Paulo O., Phillippy A.M., Pina-Martins F., Place M., Przybylski D., Qin X., Qu C., Ribeiro F.J., Richards S., Rokhsar D.S., Ruby J.G., Scalabrin S., Schatz M.C., Schwartz D.C., Sergushichev A., Sharpe T., Shaw T.I., Shendure J., Shi Y., Simpson J.T., Song H., Tsarev F., Vezzi F., Vicedomini R., Vieira B.M., Wang J., Worley K.C., Yin S., Yiu S., Yuan J., Zhang G., Zhang H., Zhou S., Korf I.F.

Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species//GigaScience, 2013, Vol. 2, No. 1, pp. 10 Подробнее

Aleksandrov A.V., Tsarev F.N., Kazakov S.V., Sergushichev A.A., Shalyto A.A.

The use of evolutionary programming based on training examples for the generation of finite state machines for controlling objects with complex behavior//Journal of Computer and Systems Sciences International, 2013, Vol. 52, No. 3, pp. 410-425 Подробнее

Сергушичев А.А., Александров А.В., Казаков С.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Совместное применение графа де Брейна, графа перекрытий и микросборки для de novo сборки генома [Combining De Bruijn Graphs, Overlap Graphs and Microassembly for De Novo Genome Assembly] // Известия Саратовского университета. Новая серия. Серия: Математика. Механика. Информатика [ Izvestiya of Saratov University. New Series. Series: Mathematics. Mechanics. Informatics] -2013. - Т. 13. - № 2-2. - С. 51–57 Подробнее

Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Сборка генома и технология MapReduce // Суперкомпьютеры -2013. - № 4 (12). - С. 40-43

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов Де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики [Scientific and Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics] -2012. - № 6(82). - С. 93-98

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Генерация конечных автоматов для управления моделью беспилотного самолета // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. - № 2(72). - С. 3-11

Aleksandrov A.V., Sergushichev A.A., Kazakov S.V., Tsarev F.N.

Genetic algorithm for induction of finite automata with continuous and discrete output actions//Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO'11 - Companion Publication, 2011, pp. 775-778 Подробнее

Александров А.В., Казаков С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н.

Genetic Algorithm for Induction of Finite Automata with Continuous and Discrete Actions//Proceedings of the 2011 GECCO conference companion on Genetic and Evolutionary Computation, 2011, pp. 775-778

Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А.

Метод исправления ошибок в наборе чтений нуклеотидной последовательности // Научно-технический вестник Санкт-Петербургского государственного университета информационных технологий, механики и оптики -2011. - № 5(75). - С. 81-84

Публикации в репозитории Университета ИТМО

Сухов В. Д., Короткевич Г. В., Сергушичев А. А.
Многоуровневое расщепление в методе Монте-Карло для оценки вероятностей редких событий в пермутационных тестах

Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 4(156) за 2024 г.
Гайнуллина А. Н., Сухов В. Д., Шалыто А. А., Сергушичев А. А.
ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА НЕЗАВИСИМЫХ КОМПОНЕНТ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ НАЧАЛЬНОГО ПРИБЛИЖЕНИЯ ПРИ ПОИСКЕ АКТИВНЫХ МОДУЛЕЙ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ГРАФАХ

Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 6(130) за 2020 г.
Гайнуллина А. Н., Артемов М. , Сергушичев А. А.
МОДИФИКАЦИЯ МЕТОДА СОВМЕСТНОЙ КЛАСТЕРИЗАЦИИ В ГРАФОВОМ И КОРРЕЛЯЦИОННОМ ПРОСТРАНСТВАХ

Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 6(130) за 2020 г.
Лобода А. А., Сергушичев А. А.
ВЫВОД ГЕННЫХ РЕГУЛЯТОРНЫХ СЕТЕЙ ПО ДАННЫМ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ПРИ ПОМОЩИ БАЙЕСОВСКИХ СЕТЕЙ

Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 6(130) за 2020 г.
Сергушичев А. А.
АЛГОРИТМ КУМУЛЯТИВНОГО ВЫЧИСЛЕНИЯ СТАТИСТИКИ ПРЕДСТАВЛЕННОСТИ НАБОРА ГЕНОВ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 5(105) за 2016 г.
Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н.
МЕТОД СБОРКИ КОНТИГОВ ГЕНОМНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ НА ОСНОВЕ СОВМЕСТНОГО ПРИМЕНЕНИЯ ГРАФОВ ДЕ БРЮИНА И ГРАФОВ ПЕРЕКРЫТИЙ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 6(82) за 2012 г.
Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А.
МЕТОД ИСПРАВЛЕНИЯ ОШИБОК В НАБОРЕ ЧТЕНИЙ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ
Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 5(75) за 2011 г.
Александров А. В., Казаков С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А.
ГЕНЕРАЦИЯ КОНЕЧНЫХ АВТОМАТОВ ДЛЯ УПРАВЛЕНИЯ МОДЕЛЬЮ БЕСПИЛОТНОГО САМОЛЕТА

Статья опубликована Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики в выпуске 2(72) за 2011 г.

Проекты

Исследование и разработка методического, алгоритмического и инфраструктурного обеспечения современных технологий машинного обучения и когнитивных технологий для создания систем отраслевых программ ДПО Национального центра когнитивных разработок
07/01/2019 - 06/30/2020
Автоматизированный поиск переходных состояний в химических реакциях
09/01/2018 - 06/30/2019
Автоматизированный анализ пространства химических превращений для предсказательного моделирования каталитических процессов
11/01/2017 - 08/31/2018