Алексеев Никита Владимирович Доцент факультета информационных технологий и программирования Персоналия университета ИТМО Перейти к содержимому страницы.

Алексеев Никита Владимирович EnEnglish

Служебные обязанности

  • Ведение научной и преподавательской деятельности
  • Курирование студенческих ВКР

Образование

2009 г. – СПбГУ, математико-механический факультет, специалитет, теория вероятностей и математической статистики.

2012 г. – СПбГУ, математико-механический факультет, аспирантура, теория случайных матриц. Получил степень кандидата физико-математических наук.

Профессиональная деятельность

С 2017 г. – Университет ИТМО, лауреат программы ITMO Fellowship and Professorship, ведущий научный сотрудник факультета информационных технологий и программирования.

2014 – 2017 гг. – Институт компьютерной биологии, Университета им. Джорджа Вашингтона (Вашингтон, округ Колумбия, США), постдок.

2010 – 2014 гг. – Лаборатория им. П.Л. Чебышева, исследователь.

2008 – 2011 гг. – Университет Билефельда (Германия), приглашенный исследователь.

Профессиональные интересы

Вычислительная биология, биоинформатика, дискретная математика, теория графов, теория вероятностей.

 

Публикации

Zabelkin A., Yakovleva Y., Bochkareva O., Alexeev N.

PaReBrick: PArallel REarrangements and BReaks identification toolkit//Bioinformatics, 2022, Vol. 38, No. 2, pp. 357-363 Подробнее

Власова Е.К., Алексеев Н.В., Сафонова Я.

Аллельный анализ генов, отвечающих за генерацию стереотипных антител к SARS-СoV-2 - 2022

Petukhova N., Zabelkin A., Dravgelis V., Aganezov S., Alexeev N.

Chromothripsis Rearrangements Are Informed by 3D-Genome Organization//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2022, Vol. 13234, pp. 221-231 Подробнее

Bernot J., Avdeyev P., Zamyatin A., Dreyer N., Alexeev N., Prez-Losada M., Crandall K.A.

Chromosome-level genome assembly, annotation, and phylogenomics of the gooseneck barnacle Pollicipes pollicipes//GigaScience, 2022, Vol. 11, pp. giac021 Подробнее

Ivanov A., Avdeyev P., Alexeev N.

Scaffolding Based on Hi-C Reads and Neural Networks//Институт биоинформатики. Сборник тезисов 2020/21, 2021, pp. 21

Seferbekova Z., Zabelkin A., Yakovleva Y., Afasizhev R., Dranenko N., Alexeev N., Gelfand M., Bochkareva O.

High Rates of Genome Rearrangements and Pathogenicity of Shigella spp.//Frontiers in Microbiology, 2021, Vol. 12, pp. 628622 Подробнее

Zamyatin A., Avdeyev P., Liang J., Sharma A., Chen C., Lukyanchikova V., Alexeev N., Tu Z., Alekseyev M.A., Sharakhov I.V.

Chromosome-level genome assemblies of the malaria vectors Anopheles coluzzii and Anopheles arabiensis//GigaScience, 2021, Vol. 10, No. 3, pp. 1-16 Подробнее

Eliseev A., Gibson K., Avdeyev P., Novik D., Bendall M., Perez-Losada M., Alexeev N.V., Crandall K.

Evaluation of haplotype callers for next-generation sequencing of viruses//Infection, Genetics and Evolution, 2020, Vol. 82, pp. 104277 Подробнее

Avdeyev P., Alexeev N.V., Rong Y., Alekseyev M.A.

A unified ILP framework for core ancestral genome reconstruction problems//Bioinformatics, 2020, Vol. 36, No. 10, pp. 2993-3003 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J., Sukhov V., Korotkevich G., Sergushichev A.

Markov chain Monte Carlo for active module identification problem//BMC Bioinformatics, 2020, Vol. 21, No. 6, pp. 261 Подробнее

Aganezov S., Zban I., Aksenov V., Alexeev N.V., Schatz M.C.

Recovering rearranged cancer chromosomes from karyotype graphs//BMC Bioinformatics, 2019, Vol. 20, pp. 641 Подробнее

Alexeev N.V., Alekseyev M.A.

Combinatorial scoring of phylogenetic trees and networks based on homoplasy-free characters//Journal of Computational Biology, 2018, Vol. 25, No. 11, pp. 1203-1219 Подробнее

Alexeev N., Isomurodov J.E., Korotkevich G., Sergushichev A.

The Soft Vertex Classification for Active Module Identification Problem//BioRxiv, 2018, pp. 1-20 Подробнее

Zabelkin A., Alexeev N.

Estimation of the true evolutionary distance under the INFER model//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2018, Vol. 11183, pp. 72-87 Подробнее

Alekseev N.V., Tikhomirov A.

Singular Values Distribution of Squares of Elliptic Random Matrices and Type B Narayana Polynomials//Journal of Theoretical Probability, 2017, Vol. 30, No. 3, pp. 1170–1190 Подробнее

Alekseev N.V., Alekseyev M.A.

Estimation of the True Evolutionary Distance under the Fragile Breakage Model//BMC Genomics, 2017, Vol. 18, No. 4, pp. 356 Подробнее

Avdeyev P., Alekseev N.V., Alekseyev M.A., Rong Y.

A unified ILP framework for genome median, halving, and aliquoting problems under DCJ//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2017, Vol. 10562, pp. 156-178 Подробнее

Alekseev N.V., Pologova A., Alekseyev M.

Generalized Hultman Numbers and Cycle Structures of Breakpoint Graphs//Journal of Computational Biology, 2017, Vol. 24, No. 2, pp. 93-105 Подробнее

Alekseev N.V., Alekseyev M.

Combinatorial Scoring of Phylogenetic Networks//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2016, Vol. 9797, pp. 560-572 Подробнее

Alekseev N.V., Andersen J., Penner R., Zograf A.P.

Enumeration of chord diagrams on many intervals and their non-orientable analogs//Advances in Mathematics, 2016, Vol. 289, pp. 1056-1081 Подробнее

Alekseev N.V., Avdeyev P., Alekseyev M.

Comparative Genomics Meets Topology: a Novel View on Genome Median and Halving Problems//BMC Bioinformatics, 2016, Vol. 17, No. 11, pp. 213-223 Подробнее

Rozanov D., Cheltsov A., Sergienko E., Vasile S., Golubkov V., Aleshin A.E., Levin T., Traer E., Hann B., Freimuth J., Alexeev N., Alekseyev M., Budko S.P., Baechinger H.P., Spellman P.

TRAIL-Based High Throughput Screening Reveals a Link between TRAIL-Mediated Apoptosis and Glutathione Reductase, a Key Component of Oxidative Stress Response//PLoS ONE, 2015, Vol. 10, No. 6, pp. e0129566 Подробнее

Alexeev N., Pologova A., Alekseyev M.

Generalized Hultman Numbers and the Distribution of Multi-break Distances//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2015, Vol. 9199, pp. 3-12 Подробнее

Alexeev N., Aidagulov R., Alekseyev M.A.

A computational method for the rate estimation of evolutionary transpositions//Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 2015, Vol. 9043, pp. 471-480 Подробнее

Алексеев Н.В., Зограф П.

Random matrix approach to the distribution of genomic distance//Journal of Computational Biology, 2014, Vol. 21, No. 8, pp. 68–87 Подробнее

Алексеев Н.В., Tikhomirov A., Goetze F.

On the asymptotic distribution of the singular values of powers of random matrices//Journal of Mathematical Sciences, 2014, Vol. 199, No. 2, pp. 68-87 Подробнее

Алексеев Н.В.

On almost sure convergence of the spectral distribution of a power of a random matrix to the Fuss-Catalan distribution//Journal of Mathematical Sciences, 2011, Vol. 176, No. 2, pp. 112-116 Подробнее

Алексеев Н.В., Tikhomirov A., Goetze F.

Asymptotic distribution of singular values of powers of random matrices//Lithuanian Mathematical Journal, 2010, Vol. 50, No. 2, pp. 121-132 Подробнее

Алексеев Н.В., Tikhomirov A., Goetze F.

On the singular spectrum of powers and products of random matrices//Doklady mathematics, 2010, Vol. 82, No. 1, pp. 505-507 Подробнее