Комиссаров Алексей Сергеевич Доцент химико-биологического кластера Доцент передовой инженерной школы ИТМО интердисциплинарного инжиниринга Персоналия университета ИТМО Перейти к содержимому страницы.

Комиссаров Алексей Сергеевич

Ученая степень:
кандидат биологических наук
Должность:
Доцент химико-биологического кластера
Доцент передовой инженерной школы ИТМО интердисциплинарного инжиниринга

Служебные обязанности

  • Научно-исследовательская деятельность
  • Преподавательская деятельность
  • Курирование студенческих ВКР

Образование

2007 г. – СПбГУ, магистратура, кафедра цитологии и гистологии.

2012 г. – Институт цитологии РАН. Получить степень кандидата наук.

Профессиональная деятельность

С 2019 г. – Университет ИТМО, ведущий научный сотрудник.

2015 – 2019 гг. – СПбГУ, Центр геномной биоинформатики им. Добржанского, старший научный сотрудник.

2017 – 2018 гг. – МФТИ, Национальной технологической инициативы, проект iPavlov, научный сотрудник.

2013 – 2015 гг. – СПбГУ, Центр геномной биоинформатики им. Добржанского, постдок.

2012 – 2013 гг. – Институт цитологии РАН, научный сотрудник.

Профессиональные интересы

Геномика человека, геномика животных, геномная сборка и аннотирование.

Публикации

Velichko N.S., Kokoulin M.S., Dmitrenok P.S., Grinev V.S., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Fedonenko Y.P.

Lipopolysaccharides of Herbaspirillum species and their relevance for bacterium–host interactions//International Journal of Biological Macromolecules, 2024, Vol. 261, No. 1, pp. 129516 Подробнее

Kliver S., Houck M.L., Perelman P.L., Totikov A., Tomarovsky A., Dudchenko O., Omer A.D., Colaric Z., Weisz D., Aiden E.L., Chan S., Hastie A., Komissarov A., Ryder O., Graphodatsky A., Johnson W., Maldonado J., Pukazhenthi B., Marinari P.E., Wildt D., Koepfli K.

Chromosome-length genome assembly and karyotype of the endangered black-footed ferret (Mustela nigripes)//Journal of Heredity, 2023, Vol. 114, No. 5, pp. 539-548 Подробнее

Kusakin A.V., Goleva O.V., Danilov L., Krylov A.V., Tsay V.V., Kalinin R.S., Tian N.S., Eismont Y.A., Mukomolova A.L., Chukhlovin A.B., Komissarov A.S., Glotov O.S.

The Telomeric Repeats of HHV-6A Do Not Determine the Chromosome into Which the Virus Is Integrated//Genes, 2023, Vol. 14, No. 2, pp. 521 Подробнее

Yakupova A., Tomarovsky A., Totikov A., Beklemisheva V., Logacheva M., Perelman P.L., Komissarov A., Dobrinin P., Krasheninnikova K., Tamazian G., Serdyukova N.A., Rayko M., Bulyonkova T., Cherkasov N., Pylev V., Peterfeld V., Penin A., Balanovska E., Lapidus A., Dna Z., O’Brien S., Graphodatsky A., Koepfli K., Kliver S.

Chromosome-Length Assembly of the Baikal Seal (Pusa sibirica) Genome Reveals a Historically Large Population Prior to Isolation in Lake Baikal//Genes, 2023, Vol. 14, No. 3, pp. 619 Подробнее

Ryakhovsky S., Zhernakova D.V., Korchagin V., Vergun A., Girnyk A., Dikaya V., Arakelyan M., Komissarov A.S., Ryskov A.

The mixed liver and kidney transcriptome dataset of Darevskia valentini rock lizard//BMC Research Notes, 2022, Vol. 15, No. 1, pp. 345 Подробнее

Кошель Е.И., Маслов Д.А., Комиссаров А.С., Курушкин М.В.

Aifred Werner's Periodic Table - 2022

Abbas Q., Kusakin A.V., Sharruf K., Komissarov A.S., Dzhiakkhvo S.

Follow-up investigation and detailed mutational characterization of the SARS-CoV-2 Omicron variant and its lineages (BA.1, BA.2, and BA.3) and sub-lineage (BA.1.1)//BioRxiv [база препринтов], 2022, pp. 1 Подробнее

Takki O., Komissarov A., Kulak M., Galkina S.

Identification of Centromere-Specific Repeats in the Zebra Finch Genome//Cytogenetic and Genome Research, 2022, Vol. 162, No. 1-2, pp. 55-63 Подробнее

Majeske A., Mercado Capote A.J., Komissarov A., Bogdanova A., Schizas N.V., Castro Marquez S.O., Hilkert K., Wolfsberger W., Oleksyk T.

The first complete mitochondrial genome of Diadema antillarum (Diadematoida, Diadematidae)//GigaByte, 2022, Vol. 2022, pp. 12 Подробнее

Afonnikova S.D., Komissarov A.S., Kuchur P.D.

Unique or not unique? Comparative genetic analysis of bacterial O-antigens from the Oxalobacteraceae family [Сравнительный генетический анализ О-антигенов бактерий семейства Oxalobacteraceae: уникальность или тривиальность?]//Вавиловский журнал генетики и селекции = Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, 2022, Vol. 26, No. 8, pp. 810-818 Подробнее

Ochkalova S., Korchagin V., Vergun A., Urin A., Zilov D., Ryakhovsky S., Girnyk A., Martirosyan I., Zhernakova D.V., Arakelyan M., Danielyan F., Kliver S., Brukhin V., Komissarov A.S., Ryskov A.

First Genome of Rock Lizard Darevskia valentini Involved in Formation of Several Parthenogenetic Species//Genes, 2022, Vol. 13, No. 9, pp. 1569 Подробнее

Tamazian G., Dobrynin P.V., Zhuk A.S., Zhernakova D.V., Perelman P.L., Serdyukova N.A., Graphodatsky A., Komissarov A.S., Kliver S.F., Cherkasov N., Scott A.F., Mohr D.W., Koepfli K., O’Brien S., Krasheninnikova K.

Draft de novo Genome Assembly of the Elusive Jaguarundi, Puma yagouaroundi//Journal of Heredity, 2021, Vol. 112, No. 6, pp. 540-548 Подробнее

Churkina A., Rybina A., Кучур П.Д., Комиссаров А.С.

Identification and comparison of somatic antigen structures of symbiotic and pathogenic bacteria from Morganellaceae family//Институт биоинформатики сборник тезисов 2020/21 - 2021

Barua S., Komissarov A., Kaur H., Brodsky E.

Transcriptomic analysis of DNA damage response in zebrafish embryos under simulated microgravity//BioRxiv [база препринтов], 2021 Подробнее

Кучур П.Д., Афонникова С.Д., Комиссаров А.С.

Усовершенствование GINOFIP – алгоритма для идентификации оперонов интереса. Сборник тезисов XXI Всероссийской конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии»//ФГБНУ ВНИИСБ - 2021. - С. 23

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С.

Innovative approaches to computational methods across diets, microbiomes and health care - 2021

Dukhinova M.S., Kokinos E., Kuchur P.D., Komissarov A., Shtro A.

Macrophage-derived cytokines in pneumonia: Linking cellular immunology and genetics//Cytokine and Growth Factor Reviews, 2021, Vol. 59, pp. 46-61 Подробнее

Кучур П.Д., Комиссаров А.С.

GINOFIP-пайплайн для поиска оперонов с генами интереса//Сборник тезисов VIII международной научно-практической конференции молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов - 2021. - С. 28

Kolchanova S., Komissarov A., Kliver S., Mazo-Vargas A., Afanador Y., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Castro-Marquez S., Rivera-Colon I., Majeske A., Wolfsberger W., Hans T., Corvelo A., Martinez-Cruzado J., Glenn T., Robinson O., Koepfli K., Oleksyk T.

Molecular phylogeny and evolution of amazon parrots in the greater antilles//Genes, 2021, Vol. 12, No. 4, pp. 608 Подробнее

Кучур П.Д., Комиссаров А.С.

Сравнительная геномика соматических антигенов симбиотических и условно-патогенных бактерий рода Herbaspirillum//Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2021» - 2021

Ryakhovsky S., Dikaya V., Korchagin V., Vergun A., Danilov L., Ochkalova S., Girnyk A., Zhernakova D.V., Arakelyan M., Brukhin V., Komissarov A.S., Ryskov A.

De novo transcriptome assembly and annotation of parthenogenetic lizard Darevskia unisexualis and its parental ancestors Darevskia valentini and Darevskia raddei nairensis//Data in Brief, 2021, Vol. 39, pp. 107685 Подробнее

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С., Круглов Е.Е.

Применение методов машинного обучения для метагеномного и полногеномного анализов микробиоты кишечника - 2021

Shevchenko A., Zhernakova D.V., Malov S., Komissarov A., Kolchanova S., Tamazian G., Antonik A., Cherkasov N., Kliver S., Turenko A., Rotkevich M., Evsyukov I., Vlahov D., Thami P., Gaseitsiwe S., Novitsky V., Essex M., O’Brien S.

Genome-wide association study reveals genetic variants associated with HIV-1C infection in a Botswana study population//Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, Vol. 118, No. 47, pp. e2107830118 Подробнее

Ряховский С.С., Комиссаров А.С.

Поиск и визуализация TAAR генов в собранных геномах позвоночных // Гены и клетки [Genes and Cells] -2020. - Т. 15. - № S3. - С. 147

Velichko N.S., Kokoulin M.S., Sigida E.N., Kuchur P.D., Komissarov A.S., Kovtunov E.A., Fedonenko Y.P.

Structural and genetic characterization of the colitose-containing O-specific polysaccharide from the lipopolysaccharide of Herbaspirillum frisingense GSF30T//International Journal of Biological Macromolecules, 2020, Vol. 161, pp. 891-897 Подробнее

Чеснокова П.Д., Ковтунов Е.А., Комиссаров А.С., Величко Н.С.

Особенности структурной организации оперонов О-антигена в геноме Herbaspirillum frisingense//Гены и клетки - 2020. - Т. XV. - № 3. - С. 154

Меньшенина М.Е., Очкалова С.Д., Чеснокова П.Д., Дикая В.А., Зилов Д.С., Власов В.Д., Комиссаров А.С.

Влияние человеческого фактора на результативность генетических исследований в рамках прогнозирования атеросклероза - 2020

Zilov D.S., Kuchur P.D., Komissarov A.S.

Automatic annotation of operons responsible for O-antigen synthesis//Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020), 2020, pp. 136

Очкалова С.Д., Комиссаров А.С., Олексик Т.

Mitogenomics and phylogenetics of vulnerable and endangered birds of genera Aratinga and Psittacus - 2020

Zilov D.S., Komissarov A.S.

Pannopi: a tool for pangenome based prokaryotic genome assembly and annotation, 2020

Очкалова С.Д., Комиссаров А.С.

Митогеномика и молекулярная филогенетика попугаев рода Aratinga и Psittacus - 2020

Bulantsev N.A., Komissarov A.S.

Interoperable whole genome sequencing and metagenomics of colon biopsy samples from patients with ulcerative colitis, 2020

Bulantsev N.A., Komissarov A.S., Koshel E.I., Круглов Е.

Metagenomic analysis of colon biopsy samples in patients with ulcerative colitis, 2020

Zilov D.S., Komissarov A.S.

CONTERA: A TOOL FOR PREPARATION DATA FOR PANGENOMIC ANALYSIS, 2020

Буланцев Н.А., Зилов Д.С., Комиссаров А.С.

MGELSE: ПАЙПЛАЙН ДЛЯ ПОИСКА И АННОТАЦИИ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ У ПРОКАРИОТ - 2020. - С. 318

Zhernakova D.A., Brukhin V., Malov S., Oleksyk T., Koepfli K., Zhuk A., Dobrynin P., Klivera S., Cherkasov N., Tamazian G., Rotkevich M., Krasheninnikova K., Evsyukov I., Sidorov S., Gorbunova A., Chernyaeva E., Shevchenko A., Kolchanova S., Komissarov A.S., Simonov S., Antonik A., Logachev A., Polevh D., Pavlovah O., Glotov A., Ulantsev V., Noskova E., Davydova T., Sivtseva T., Limborska S., Balanovsky O., Osakovsky V., Novozhilov A., Puzyrev V., O'Brien S.

Genome-wide sequence analyses of ethnic populations across Russia//Genomics, 2020, Vol. 112, No. 1, pp. 442-458 Подробнее

Rayko M., Komissarov A.S.

Quality control of low-frequency variants in SARS-CoV-2 genomes//BioRxiv [база препринтов], 2020 Подробнее

Zilov D.S., Komissarov A.S.

Pannopi: prokaryotic genome assembly and annotation pipeline//BMC Bioinformatics, 2020, Vol. 21, No. Suppl20, pp. 6-7

Дикая В.А., Травина А.О., Остромышенский Д.И., Подгорная О.И., Комиссаров А.С.

Анализ состава транскриптома травяной лягушки Rana Temporaria//Гены и клетки - 2020. - Т. 18. - № №3. - С. 132-133

Kuchur P.D., Zilov D.S., Komissarov A.

Comparative genomics analysis of o-antigen related genes in prokaryotic genomes//VII Международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов, 2020, pp. 87-88

Rayko M., Komissarov A.S., Kwan J., Lim-Fong G., Rhodes A., Kliver S., Kuchur P.D., O’Brien S., Lopez J.

Draft genome of Bugula neritina, a colonial animal packing powerful symbionts and potential medicines//Scientific Data, 2020, Vol. 7, No. 1, pp. 356 Подробнее

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С., Кошель Е.И., Мякишева Ю.В., Кафтырева Л.А., Круглов Е.Е.

МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ БИОПТАТОВ ТОЛСТОЙ КИШКИ ПАЦИЕНТОВ С ЯЗВЕННЫМ КОЛИТОМ//Гены & Клетки - 2020. - Т. XV. - № 3. - С. 128

Чеснокова П.Д., Ковтунов Е.А., Величко Н.С., Комиссаров А.С.

Особенности структурной организации оперонов о-антигена в геноме herbaspirillum frisingense // Гены и клетки [Genes and Cells] -2020. - Т. 15. - № S3. - С. 153

Дикая В.А., Травина А.О., Остромышенский Д.И., Подгорная О.И., Комиссаров А.С.

Анализ состава транскриптома травяной лягушки rana temporaria // Гены и клетки [Genes and Cells] -2020. - Т. 15. - № S3. - С. 132

Дикая В.А., Травина А.О., Остромышенский Д.И., Подгорная О.И., Комиссаров А.С.

TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF RANA TEMPORARIA IN THE EARLY STAGES OF EMBRYOGENESIS - 2020

Буланцев Н.А., Комиссаров А.С., Кошель Е.И., Круглов Е.Е., Мякишева Ю.В., Кафтырева Л.А.

Метагеномный анализ биоптатов толстой кишки пациентов с язвенным колитом // Гены и клетки [Genes and Cells] -2020. - Т. 15. - № S3. - С. 128

Marra N.J., Stanhope M.J., Jue N.K., Wang M., Sun Q., Bitar P.P., Richards V.P., Komissarov A., Rayko M., Kliver S.

White shark genome reveals ancient elasmobranch adaptations associated with wound healing and the maintenance of genome stability//Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, Vol. 116, No. 10, pp. 4446-4455 Подробнее

Кулак М., Комиссаров А.С., Демин А.Г., Фийон В., Сайфитдинова А.Ф., Павлова О.А., Гагинская Е.Р., Галкина С.А.

Гетерохроматиновые районы в хромосомах японского перепела - 2019. - С. 975

Komissarov A., Kliver S., Rayko M., Dunham J.P.

Long-Read sequencing and de novo genome assembly of the Manila clam, Ruditapes philippinarum (Bivalvia, Veneridae), 2019

Kolchanova S., Kliver S., Komissarov A.S., Dobrinin P., Tamazian G., Grigorev K., Wolfsberger W., Majeske A., Velez-Valentin J., De La Rosa R., Paul-Murphy J.R., Guzman D.S., Court M.H., Rodriguez-Flores J.L., Martinez-Cruzado J., Oleksyk T.

Genomes of Three Closely Related Caribbean Amazons Provide Insight for Species History and Conservation//Genes, 2019, Vol. 10, No. 1, pp. 54 Подробнее

Koepfli K., Tamazian G., Wildt D., Dobrynin P., Kim C., Frandsen P.B., Godinho R., Yurchenko A.A., Komissarov A., Krasheninnikova K., Kliver S., Kolchanova S.

Whole genome sequencing and re-sequencing of the sable antelope (Hippotragus niger): a resource for monitoring diversity in ex situ and in situ populations//G3: Genes, Genomes, Genetics, 2019, Vol. 9, No. 6, pp. 1785-1793 Подробнее

Komissarov A.

THE GENOME RUSSIA PROJECT-2019, 2019, pp. 89-89

Галкина С.А., Сайфитдинова А.Ф., Комиссаров А.С., Кулак М., Володькина В.А., Гагинская Е.Р.

Молекулярные основы классических признаков у кур: факты и гипотезы - 2019. - С. 313

Kulak M., Komissarov A.S., Dyomin A., Fillon V., Gaginskaya E., Saifitdinova A., Galkina S.

Description of new tandem repeats in the genome of Japanese quail//Molecular Cytogenetics, 2019, Vol. 12, No. S1, pp. 4

Komissarov A.

Assembly and annotation of genomes of some species from the apomictic genus Boechera and evolutionary analysis of apomixis-associated genes, 2018

Komissarov A.S., Galkina S.A., Koshel E.I., Kulak M.M., Dyomin A.G., O'Brien S.J., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F.

New high copy tandem repeat in the content of the chicken W chromosome//Chromosoma, 2018, Vol. 127, No. 1, pp. 73-83 Подробнее

Volodkina V.A., Kulak M.M., Komissarov A.S., Galkina S.A., Gaginskaya E.R., Saifitdinova A.F.

Chicken tandem repeats Ggal10 and Ggal20 are specific to different microchromosomes//Comparative Cytogenetics, 2018, Vol. 12, No. 3, pp. 357-358

Komissarov A.

Annotation of genetic variation within Genome Russia project//NATURE PUBLISHING GROUP, 2018, Vol. 26, pp. 785-785

Komissarov A.

Assembly and comparative analysis of some apomicticBoechera species genomes, 2018, pp. 29-30

Kulak M.M., Dyomin A.G., Komissarov A.S., Fillon V., Saifitdinova A.F., Pavlova O.A., Gaginskaya E.R., Galkina S.A.

New pericentromeric repeat identified in the genome of japanese quail//Comparative Cytogenetics, 2018, Vol. 12, No. 3, pp. 337-338

Komissarov A.

Diversity of genomic variants and population genetics of ethnic and regional groups across Russia//Molecular Phylogenetics, 2018, pp. 6-7

Kliver S., Rayko M., Komissarov A., Bakin E., Zhernakova D.V., Prasad K., Rushworth C., Baskar R., Smetanin D., Schmutz J., Rokhsar D.S., Mitchell-Olds T., Grossniklaus U., Brukhin V.

Assembly of the Boechera retrofracta genome and evolutionary analysis of apomixis-associated genes//Genes, 2018, Vol. 9, No. 4, pp. 185 Подробнее

Grigorev K., Kliver S., Dobrynin P., Komissarov A., Wolfsberger W., Krasheninnikova K., Afanador-Hernandez Y.M., Brandt A.L., Paulino L.A., Carreras R., Rodriguez L.E., Nunez A., Brandt J.R., Silva F., Hernandez-Martich J.D., Majeske A., Antunes A., Roca A.L., O'Brien S.J., Martinez-Cruzado J., Oleksyk T.

Innovative assembly strategy contributes to understanding the evolution and conservation genetics of the endangered Solenodon paradoxus from the island of Hispaniola//GigaScience, 2018, Vol. 7, No. 6, pp. giy025 Подробнее

Komissarov A., Vij S., Yurchenko A., Trifonov V., Thevasagayam N., Saju J., Sridatta P.S., Purushothaman K., Graphodatsky A., Orban L., Kuznetsova I.

B Chromosomes of the Asian seabass (Lates calcarifer) contribute to genome variations at the level of individuals and populations//Genes, 2018, Vol. 9, No. 10, pp. 464 Подробнее

O'Brien S.J., Tamazian G., Komissarov A.S., Dobrynin P.V., Krasheninnikova K.V., Kliver S.F., Cherkasov N.A., Koepfli K.

A Moving Landscape for Comparative Genomics in Mammals//Comparative Cytogenetics, 2018, Vol. 12, No. 3, pp. 301

Brandt A.L., Grigorev K., Afanador-Hernandez Y.M., Paulino L.A., Murphy W.J., Nunez A., Komissarov A., Brandt J.R., Dobrynin P., Hernandez-Martich J.D., Maria R., O’Brien S.J.

Mitogenomic sequences support a north–south subspecies subdivision within Solenodon paradoxus//Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, 2017, Vol. 28, No. 5, pp. 662-670 Подробнее

Saifitdinova A., Galkina S., Kulak M., Koshel E., Dyomin A., Chetverikova R., Komissarov A., O'Brien S.J., Gaginskaya E.

Filling in the gaps in the chicken sex W chromosome map, 2017, Vol. 10

Figueiro H.V., Li G., Trindade F.J., Assis J., Pais F., Fernandes G., Santos S.H., Hughes G.M., Komissarov A., Antunes A., Trinca C.S., Rodrigues M., Linderoth T., Bi K., Silveira L., Azevedo F.C., Kantek D., Ramalho E., Brassaloti R.A., Villela P.M., Nunes A.L., Teixeira R.H., Morato R.G., Loska D., Saragueta P., Gabaldon T., Teeling E., O'Brien S.J., Nielsen R., Coutinho L.L., Oliveira G., Murphy W.J., Eizirik E.

Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats//Science Advances, 2017, Vol. 3, No. 7, pp. e1700299 Подробнее

Kulak M., Galkina S., Saifitdinova A., Larkin D., Damas J., Farre M., Griffin D., O'Connor R., Komissarov A., Gaginskaya E.

The Japanese quail genome a cytogenetic revision, 2017, Vol. 10

Biltueva L.S., Prokopov D.Y., Makunin A.I., Komissarov A.S., Kudryavtseva A.V., Lemskaya N.A., Vorobieva N.V., Serdyukova N.A., Romanenko S.A., Gladkikh O.L., Graphodatsky A., Trifonov V.A.

Genomic organization and physical mapping of tandemly arranged repetitive DNAs in sterlet (Acipenser ruthenus)//Cytogenetic and Genome Research, 2017, Vol. 152, No. 3, pp. 148-157 Подробнее

Komissarov A.S., Ghiselli F., Milani L., Dunham J.P., Breton S., Nuzhdin S.V., Passamonti M.

The draft genome of Ruditapes philippinarum (the Manila clam), a promising model system for mitochondrial biology//PeerJ PrePrints, 2017

Проекты

Обеспечение образовательной деятельности в рамках программы Прикладная геномика
05/18/2023 - 12/31/2023

Геномы и генетическое разнообразие куньих (сем. Mustelidae) России и Юго-Восточной Азии
01/01/2020 - 12/28/2022