Отдел по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям (ГО и ЧС) Университета ИТМО создан с целью обеспечения гибкости управления по вопросам гражданской обороны, пожарной, радиационной и химической безопасности, предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций мирного и военного времени, специализированными институтами, а также структурными подразделениями Университета.

Отдел является постоянно действующим органом управления в объектовом звене Университета ИТМО предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций и гражданской обороны, и специально уполномочен решать задачи гражданской обороны, предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций и их последствий на объекте.

Отдел в мирное и военное время отвечает за планирование и выполнение комплекса организационных, инженерно-технических, медицинских и других специальных мероприятий, направленных на повышение готовности управления, формирований гражданской обороны и  университета в целом к действиям в условиях чрезвычайных ситуаций мирного и военного времени в соответствии с планами гражданской обороны и действий по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций.

Основными направлениями деятельности отдела являются:

- подготовка сотрудников Университета к действиям при угрозе возникновения и возникновении чрезвычайных ситуаций мирного и военного времени;

- организация планирования и проведения мероприятий по гражданской обороне;

- обеспечение создания и поддержания в состоянии постоянной готовности нештатных формирований по обеспечению выполнения мероприятий по гражданской обороне;

- организация обучения руководящего состава Университета, командно-начальствующего состава и специалистов нештатных формирований по обеспечению выполнения мероприятий по гражданской обороне в учебном центре и на курсах гражданской обороны;

- руководство обучением сотрудников Университета способам защиты от опасностей, возникающих при ведении военных действий или вследствие этих действий, а также при угрозе возникновения и возникновении чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера;

- обеспечение содержания в целях гражданской обороны запасов материально-технических, медицинских и иных средств.